با شناسه root وارد SSH شده و فایل تنظیمات mysql را با ویرایشگری همچون nano ویرایش کرده و کد زیر را در آن قرار می دهیم بعد از فایل را ذخیره کرده  و mysql را مجددا راه اندازی می کنیم.
نکته: فایل تنظیمات mysql معمولا در آدرس etc/my.cnf قرار دارد.
[mysqld]
 skip-locking
 skip-innodb
 query_cache_limit=1M
 query_cache_size=32M
 query_cache_type=1
 max_connections=500
 interactive_timeout=100
 wait_timeout=100
 connect_timeout=10
 thread_cache_size=128
 key_buffer=16M
 join_buffer=1M
 max_allowed_packet=16M
 table_cache=1024
 record_buffer=1M
 sort_buffer_size=2M
 read_buffer_size=2M
 max_connect_errors=10
 # Try number of CPU's*2 for thread_concurrency
 thread_concurrency=2
 myisam_sort_buffer_size=64M
 log-bin
 server-id=1
 [safe_mysqld] 
 err-log=/var/log/mysqld.log
 open_files_limit=8192
 [mysqldump] 
 quick
 max_allowed_packet=16M
 [mysql] 
 no-auto-rehash
 #safe-updates
 [isamchk] 
 key_buffer=64M
 sort_buffer=64M
 read_buffer=16M
 write_buffer=16M
 [myisamchk] 
 key_buffer=64M
 sort_buffer=64M
 read_buffer=16M
 write_buffer=16M
 [mysqlhotcopy] 
 interactive-timeout
توجه بفرمایید متغییر های بالا  بسته به نوع سخت افزار سرور و ... همچون باید تغییر کند تا سرویس دهنده  mysql به بالاترین حد پاسخگویی و پایداری برسد.
با استفاده از بهینه  سازی صحیح مثلا می توان سایتی PHPNUKE ی را که در 47 ثانیه لود می شد به 11  ثانیه کاهش داد.
در مرحله آخر MySQL را از whm و یا ssh ریست کنید.
